Conan confida ad Agasa il timore che Ran abbia ormai scoperto la sua identità segreta. Nel frattempo, emerge un dettaglio inquietante: Ai possiede ancora il dischetto sporco di sangue recuperato all'Haido City Hotel, segno che ha mentito sulla perdita dei dati dell'APTX4869. Il giorno seguente, durante un campeggio, i Giovani Detective si avventurano in una grotta dove assistono casualmente all'occultamento di un cadavere da parte di tre malviventi. Scoperti, i bambini diventano bersagli dei killer, che iniziano a dar loro la caccia tra gli oscuri e pericolosi cunicoli sotterranei nel tentativo di eliminare i testimoni.