Subaru Okiya viene segretamente fotografato mentre scopre il modulatore vocale celato sotto il colletto, mettendo a rischio il suo segreto. Nel frattempo, una cliente affida a Jirokichi Suzuki una scatola rompicapo di Samizu Kichiemon che custodisce una preziosa pietra di luna e un diario personale. Le istruzioni per sbloccare il meccanismo sono nascoste in uno dei diecimila libri appena donati dalla donna alla biblioteca Suzuki. Conan, Subaru, Ai e il gruppo Mori avviano una frenetica ricerca tra gli scaffali per individuare il foglio prima che Kaito Kid entri in azione. Subaru monitora con attenzione i presenti, sospettando che il ladro gentiluomo si sia già infiltrato per studiare il rompicapo.